Học viện hiện đang tổ chức đào tạo tại 3 cơ sở:

• Cơ sở chính: 104 Nguyễn Văn Trỗi, Phường 8, Quận Phú Nhuận, Thành phố Hồ Chí Minh
• Cơ sở 2: 18A Cộng Hòa, Phường 4, Quận Tân Bình, Thành phố Hồ Chí Minh
• Cơ sở 3: 243 Nguyễn Tất Thành - Cam Ranh - Tỉnh Khánh Hòa (Cảng Hàng không quốc tế Cam Ranh).

Trong năm 2007, Học viện Hàng không Việt Nam đã khánh thành Trung tâm đào tạo phi công cơ bản và tiến hành tuyển sinh khóa đào tạo phi công đầu tiên tại Việt Nam (sân bay Cam Ranh, tỉnh Khánh Hòa).